加筆しました（2016年9月9日）
6系以外でどうなるか試してみて結果を知らせて欲しいのですが、環境ファイル破損の危険性があるので自己責任でお願いします。
トラックの色の話です。全体の色設定の話ではありません。
Cubase9.5系でも問題なく動作することを確認済みです。（2017年11月18日）
（2018年3月16日更新）
各所の表示色を変えておくと、見た瞬間にいろいろ判断できるので便利です。
デフォルトの色はセンスが無い上に使いにくいです。
記事の末尾にダウンロード可能なテキストとcprを用意しておきましたので、使いたい人は使ってみてください。改造してウハウハしてみてください。
■Cubase9系では不要な話です
「選択位置の前に新規カラーを挿入」というメニューがついたので、この記事は無意味になりました。
以下、古いCubaseでがんばる方法です。
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以下、過去記事
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■色の保存の仕組み（旧Cubase）
すでに色設定をやったことがある人なら下の画像だけで把握できると思います。
色設定は押すと戻せないので何度かミスって覚えるしか無い鬼畜仕様です。Undoも効きません。
クソゲーハンターのみなさんなら楽勝だとは思いますが、念のためまとめておきます。
セーブ用アイコン3種「現在のセット」「プログラム標準値」「ファクトリー設定」の意味は、
・画像右端、Cubase.cprの中で、製作曲と一緒なのが「現在のセット」です。
・画像中央、Defaults.xmlの中身の『上側』にあるのが「プログラム標準値」です。（Pcolor）
・画像中央、Defaults.xmlの中身の『下側』にあるのが「ファクトリー設定」です。（DefSet内）
・それぞれのアイコンを押すと矢印のように上書きされます。
普通に使うのは一番左のセーブ機能「現在のセットをプログラム標準値として保存」だと思います。いろいろ作った色設定を保存し、次回のプロジェクトからも同じ色設定で開かれます。自分用の色でいつでも作業できるようになる機能です。（これを押そうとして誤爆し、せっかく作った色設定が消えてしまう。）
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にしてもこのポップアップの日本語文法、どうにかならなかったんでしょうか。
・保存
・ユーザー設定を読み込み
・リセット
で良かったんじゃないか？というかなぜUndoを付けなかったんだろう。ミキサー・エフェクトもだけど。
やめよう、あいまい表記。
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この記事でこれから説明する『Defaults.xmlに直書きする内容』は「プログラム標準値」です。
普通にDefaults.xmlに書き込んでCubaseを起動しても色の内容が変わらない原因は「プログラム標準値をcprに読みこませる操作をしなければいけない」からです。設定ファイル直書きだから必ず変わるはず、という思い込みが敗因でした。
直書き→起動→色指定プログラム標準値読み込み、でOKです。
何度も言いますが、失敗すると全てやり直しになります。一生懸命作ったファイルが消し飛んで、呆然とディスプレイを眺めながら自慢の静音PCの駆動音に耳を澄ます覚悟はOK？
では、以下詳しく説明。
■自己責任です
詳しく説明すると言いましたが……ちょっと危険な方法なので、あえて雑に説明します。何のことだか分からない人は触らないほうが良いです。
とは言え、Cubaseを扱う上で知っておくと何かの役に立つことが稀にあるので「Defaults.xml」というものが存在することだけは知っておいても良いかもしれません。
Defaults.xmlをコピーし、「Defaults_OLD20160907.xml」などの名前を付けてキープしてからテストしてください。
default.xmlが吹き飛んでも知りません。
バックアップを作った上で自己責任で取り組んでください。
■Defaults.xmlって何よ？
よく知られている通り、Defaults.xmlにはCubaseの各種基本設定が記述されています。
このファイルはCubaseの終了時に更新され、次回起動時に前回と同じ状態から作業を再開できるようになっています。
何らかの破損によって、起動時におかしな状態になってしまった時などはこのDefaults.xmlを削除してからCubaseを起動し、終了させるとデフォルト状態（に近い）Defaults.xmlが新たに生成されます。
ただし、各種設定は全て消えてしまうので、最後の手段だと思って良いです。（それを嫌ってカスタマイズしないのがベストだと言う人もいますが、そもそもCubaseはカスタマイズしないと、デフォルト状態では他のDAWに大きく劣るというのは常識です。）
■本題 xmlに直書きする
で、このDefaults.xmlにいろいろ書かれているのだから、「このファイルを直書きすればいろんなことができるんじゃね？」という目論見がなされてきていますが、割りとみんな失敗しています。
今回やった色変えも、数年前に有志カスタマイズマニアがいろいろやったのですが失敗しました。気分転換にちょっとやってみたらうまく行ったので紹介しておきます。
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Cubaseの色変えは気合しだいでいろいろできるのですが、順番に追加していく途中で「あ、ここに1色追加したい」と思っても、そこに挿入することはできず、1から全てやり直しです。クソゲーですね。
ではさっそく、Defaults.xmlに直書き。
色設定の場所を見つけるためには「PColorController」と検索してください。
今後のためにコメント行を追加して検索しやすくしておくのも良いでしょう。
<!-- このようにやります -->
行数は個人のカスタマイズ内容によって異なるので参考にしないでください。
場所は検索で”PColor”です。1箇所しか生成されないのですぐ見つかります。
念のため、その下のitem群がすべて色指定であることを確認してから作業してください。
そこにある<item>～</item>をコピーし、先頭にはりつけます。
これでうまくいくだろう！と思ってCubaseを起動してチェックしても、色一覧に追加されません。残念でした。
PColorのしばらく下、自分が登録した色の最後の行、そこから下がデフォルト設定の場所（のはず）です。
私の場合、色の最後は「MASTER_OUT」という名前にしてあります。
その下に続く色設定の群がデフォルト色設定（ファクトリー設定）です。
この行は"DefSet"で検索しても同文字列が他にも大量にあるので、ヒットしません。「自作の色の下」という見つけ方しか無いと思います。
たぶんここを書き換えれば、ファクトリー設定そのものを書き換えることになるので、またちょっと違った使い方ができるかもしれません。
（新しいCubase9系はこの辺をCubase上から編集できるようになっています。）
■現在の色、プレーンテキストにて
私が使っている現状ではこういう色指定です。輝度等は見た目で適当に作ってあるだけなので厳密さはありません。
<item>
<string name="Group" value="PColorController" />
<member name="Values">
<obj class="UColorSet" name="Event Colors" ID="840693600">
<string name="SetName" value="Event Colors" wide="true" />
<list name="Set" type="list">
<item>
<string name="Name" value="Folder1" wide="true" />
<int name="Color" value="4291671220" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Folder2" wide="true" />
<int name="Color" value="4288783310" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Folder3" wide="true" />
<int name="Color" value="4284909145" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Red1_Main1" wide="true" />
<int name="Color" value="4294929773" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Red2" wide="true" />
<int name="Color" value="4293163385" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Red3" wide="true" />
<int name="Color" value="4294952646" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Blue1" wide="true" />
<int name="Color" value="4278871793" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Blue2" wide="true" />
<int name="Color" value="4287738110" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Blue3" wide="true" />
<int name="Color" value="4291089151" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Green1" wide="true" />
<int name="Color" value="4278232064" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Green2" wide="true" />
<int name="Color" value="4283693651" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Green3" wide="true" />
<int name="Color" value="4291231686" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Yellow1" wide="true" />
<int name="Color" value="4287400448" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Yellow2" wide="true" />
<int name="Color" value="4292330798" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Yellow3" wide="true" />
<int name="Color" value="4294896459" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Orange1" wide="true" />
<int name="Color" value="4294810924" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Orange2" wide="true" />
<int name="Color" value="4294886513" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Orange3" wide="true" />
<int name="Color" value="4294959021" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Purple1" wide="true" />
<int name="Color" value="4290642110" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Purple2" wide="true" />
<int name="Color" value="4294810111" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Purple3" wide="true" />
<int name="Color" value="4294953215" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Sky1" wide="true" />
<int name="Color" value="4284677631" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Sky2" wide="true" />
<int name="Color" value="4290771967" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Sky3" wide="true" />
<int name="Color" value="4292607743" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Sub1" wide="true" />
<int name="Color" value="4283748813" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Sub2" wide="true" />
<int name="Color" value="4282700706" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="Folder" wide="true" />
<int name="Color" value="4292329664" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="SEND" wide="true" />
<int name="Color" value="4279890431" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="GROUP" wide="true" />
<int name="Color" value="4278252185" />
</item>
<item>
<string name="Name" value="MASTER_OUT" wide="true" />
<int name="Color" value="4290379959" />
</item>
</list>
・謎の8桁数字は何？
質問：この8桁の十進数色指定ってなーに？
良くあるウェブ色指定の6桁の16進数、FFFFFFで真っ白というアレ。
FF*FF*FF（16進数6桁）
=256*256*256（10進数9桁）
=16777216（10進数8桁）
ですね。
欲しい色をxml内で作りたい場合
RGBと16進数カラーコードの相互変換ツール
http://www.peko-step.com/tool/tfcolor.html
10進数・16進数変換ツール
http://tool.muzin.org/16/
などを使うと良いですね。
もしプログラミングに興味があるなら、色制作&順番入れ替えツールを作ってフォーラムに投下したりスタインバーグに送ってみると楽しいかもしれません。（新しいCubaseでは備わっています。不要です。）
Cubaseを起動した状態でDefaults.xmlを編集して保存しても、Cubaseを閉じた時に「Cubaseが起動中に保持しているDefaults.xmlが上書きされる」ので、直書きしたxmlの保存タイミングについては気をつけてください。
実際のところ、現在のプロジェクトの色設定は、Defaults.xmlに全てが格納されているわけではなく、どこかのファイルに書き込まれているのだと思われます。以前にコンフィグ系のファイルすべてをチェックしても見つからなかったのでたぶんプロジェクトファイルの中だと思います。
■Cubase内の操作でDefaults.xmlを読み直させる
どうやってDefaults.xmlの内容に従わせるか？
以下のアイコンをクリックする操作は元に戻せないので要注意です。
（1）やらなくてもいいかもしれない
これ。
「現在のセットをファクトリー設定にリセット」で、一度工場出荷設定に戻します。
工場出荷設定はDefaults.xmlでPColorで検索したところからしばらく下にあります。
順番に見ていけば、自分が作った色名の最後の色の下にそれっぽいのがあるのでわかると思います。
（2）たぶんこれだけで良いんじゃなかろうか
その次にこれ。
「現在のセットにプログラム標準値を読み込む」
この操作をすると、ようやくDefaults.xmlの内容を読み込んでくれます。
つまり、Defaults.xmlは毎回更新されているけれど、現在のプロジェクト状況に影響を与えないアイテムも入っているということですね。
この操作の結果、
Defaults.xmlに試しに記述したTESTカラー3色が先頭に入りました。
あとは普通に色を加工すればOKですね。
■英語版だとどうなの件
環境設定など各種設定項目の名前が「英語だと各種用語が違う場所でも一致しているが、日本語版は曖昧表記が多い！だから日本語版はクソ！英語でやれ！」という人がいるので、英語版もチェックしてみたよ！
このとおり、設定画面の名称が"Project Color"なのに、セーブアイコンの説明は"Current Set"です。英語版も表記がブレています。お疲れ様でした。
Cubase7系だか8系以降では色設定の管理がやりやすくなっている、と聞いています。
今回の記事は6系じゃないと役に立たない話だったかもしれません。
色付けをやっておくと、楽曲の構成管理に役立ちます。
デフォルトの色が非常にイマイチなので見やすく分類しやすい色に変更して使っています。
できることなら、キーエディタ（ピアノロール）のベロシティやグリッド適合チェックの時の色指定もできればなぁと思っていますが、私には無理です。
他に欲しいのは、フェードインアウト処理済みのオーディオリージョンを自動で色違い（グラデ）にするとか、予め指定済みの楽曲キーやコードに対する度数で色分けとか、コントローラーレーン（オートメーション）で最小値・最大値だけ違う色にするとかとかです。無いものは運用でカバーするしかありませんね。
Cubaseの色付けのノウハウについてはこちらのページ（音楽広場 様）で丁寧に書かれているので割愛。
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■ファイルのダウンロード
・Default.xml抜粋
Cubase_Color.txt - Google ドライブ
default.xmlの当該部分
<item>
<string name="Group" value="PColorController" />
～
</list>
の抜き出しです。
上にあったテキストと同じ内容です。
・cpr版
cubase_60x_color_eki01.cpr - Google ドライブ
Cubase6.0.7で出力したcprですので、Cubase7系8系でも開けますたぶん。
cprを開き、色を「標準値で保存」です。
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検索ワード
色の管理
色の設定
色の指定
